4 années se sont écoulées depuis la fin du jour 6 . La cellule Anti-Terroriste démantelée pour violation des droit de l'homme et Jack Bauer est jugé à Washington D.C. pour ses crimes . Le jour de l'investiture de la première femme présidente des États-Unis , Tony Almeida , refait surface pour renverser le pouvoir à la Maison Blanche . Sans la CAT , ne pouvant compter sur le FBI , le bureau ovale est cerné . Dans cet enfer , Jack est leur dernier espoir .
Cela fait 20 mois que Jack Bauer est emprisonné en Chine. Longuement torturé, il est enfin libéré après des négociations entre le Président des Etats-Unis et les autorités chinoises. Il fait appel à lui pour tenter de mettre fin à la série d'attaques de terroristes qui déclenchent des mini-nukes (de petites bombes nucléaires) à travers tout le pays. Au fil des 24 heures, il doit gérer une situation de crise internationale provoquée par des activités d'espionnage chinoises pour obtenir un composant d'une bombe nucléaire qui contient tous les codes de défenses russes, et éviter une guerre entre la Russie et les Etats-Unis.
Cette série très innovante se déroule en temps réel. Chaque saison nous plonge, pendant 24 heures, au c?ur de la cellule anti-terroriste de Los Angeles, dont Jack Bauer est l'un des meilleurs agents. Aux côtés de ses collègues, parmi lesquels Tony Almeida ou Michelle Dessler, il doit faire face à de grosses menace terroristes qui planent sur les Etats-Unis et sur la planète.
Dix-huit mois après les événements de la saison 3, l'agent spécial Jack Bauer a définitivement quitté la Cellule Anti-Terroriste. Il est aujourd'hui chargé de la sécurité de James Heller, le ministre de la Défense, tout en ayant une liaison sérieuse avec la fille de ce dernier. Mais l'univers de Jack bascule le jour où un groupe terroriste turc fait dérailler de façon spectaculaire un train et kidnappe Heller et sa fille. Ces actes sont les premiers d'une longue série de coups d'éclat durant lesquels les terroristes vont prendre les commandes de 106 réacteurs nucléaires américains. Contre l'avis de la CTU, Jack reprend du service et n'a que 24 heures pour empêcher le monde de sombrer dans l'apocalypse nucléaire.
13h00. Un cadavre est déposé devant le centre de santé publique de Los Angeles. Très vite, les médecins découvrent que le corps est infecté par le virus Cordilla, un immuno-virus de type 3 capable de décimer une large population en moins de 24h00. Un ultimatum est bientôt imposé : si le baron de la drogue Ramon Salazar n'est pas libéré, le virus Cordilla se propagera sur tout le territoire. Pour empêcher la catastrophe, Jack Bauer va défier la loi et le Président des Etats-Unis en organisant l'évasion de Salazar. Très vite, tout dérape et le virus est lâché dans un hôtel de Los Angeles. Pour Jack Bauer la journée la plus cauchemardesque de toute sa carrière a déjà commencé.